Агрономический факультет, факультет биотехнологии и ветеринарной медицины, инженерный факультет, технологический факультет, экономический факультет, институт управленческих технологий и аграрного рынка подчиняются:

ректору – по общим вопросам;

проректору по учебной работе – по учебно-воспитательным и социальным вопросам;

проректору по научной работе – по научно-исследовательским, научно-методическим и иновационным вопросам;

проректору по развитию – по вопросам дополнительного образования и международного сотрудничества.